상황별 가이드

육아휴직자 연말정산 방법

업데이트: 2026년 10월 · 연말정산 가이드 · 2026년 귀속 기준

육아휴직 중이거나 복직한 근로자의 연말정산 방법을 정리했습니다. 육아휴직급여 비과세, 총급여 변화, 자녀 관련 공제를 안내합니다.

육아휴직급여는 비과세이므로 총급여에 포함되지 않아 총급여가 줄고, 그만큼 카드 소득공제 기준금액(25%)과 의료비 기준금액(3%)도 낮아집니다. 휴직자도 회사가 연말정산을 하며 급여가 없으면 2월 말일을 기준으로 합니다.

육아휴직자 연말정산이란?

육아휴직 중에도 근로자로서 연말정산 대상입니다. 휴직 기간에 받는 육아휴직급여는 고용보험법에 따라 받는 급여로 비과세 소득이라 과세 대상 총급여에 포함되지 않습니다(소득세법 제12조).

영향받는 항목

항목영향
총급여휴직 기간 급여가 없거나 비과세라 줄어듦
카드 공제 기준금액총급여 25%가 낮아져 공제 문턱이 낮아짐
의료비 기준금액총급여 3%가 낮아져 공제받기 쉬워짐
배우자 소득요건육아휴직급여는 비과세라 소득금액 판단에 포함되지 않는 것이 일반적
자녀세액공제만 8세 이상 자녀가 대상(8세 미만은 출산·입양 해당 연도만)

자녀 관련 비과세·공제

  • 6세 이하 자녀 보육 관련 급여: 자녀 1명당 월 20만 원 이내 비과세
  • 출산 관련 급여: 출생일 이후 2년 이내 지급분 전액 비과세
  • 6세 이하 자녀의 의료비는 3% 기준을 넘는 금액부터 한도 없이 공제 대상입니다(과세기간 개시일 현재 6세 이하).
  • 출산·입양 공제: 첫째 30만 원, 둘째 50만 원, 셋째 이상 70만 원

예시

연 6개월만 일하고 총급여가 2,400만 원이라면 카드 공제 기준금액은 600만 원입니다. 연 12개월 일한 총급여 4,800만 원이었다면 1,200만 원이었을 기준금액이 낮아져 같은 사용액으로도 공제받기 쉬워집니다.

휴직 반영 총급여로 계산

준비 방법

  1. 회사 인사팀에 휴직자 연말정산 방식(휴직 중 제출 가능 여부)을 문의합니다.
  2. 간소화 자료가 열리면 의료비·교육비·카드 자료를 조회합니다.
  3. 신고서와 증빙을 회사 방식으로 제출합니다.
  4. 복직 후에도 서류 제출 기한을 놓치면 경정청구로 정정합니다.

자주 묻는 질문

휴직 중에도 연말정산을 하나요?

네. 회사가 2월분 급여를 지급할 때 정산하고, 급여가 없으면 2월 말일 기준입니다.

육아휴직급여도 신고하나요?

비과세 소득이라 총급여에 포함하지 않습니다.

배우자 육아휴직 중이면 부양가족이 되나요?

배우자의 연간 소득금액이 100만 원(총급여 500만 원) 이하일 때입니다. 과세 대상 급여가 있다면 합산해 판단하세요.

복직 후 첫 해는요?

복직 후 받은 급여만 과세 대상 총급여로 계산합니다.